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菌群多样性组成谱分析

菌群多样性组成谱分析 




高通量测序分析环境微生物(微生物菌群分析、微生物多样性分析、微生物群落分析)


资费:请电话商谈 联系电话:01065945597/65919547
手机:13717768726

研究对象:

样品来源:土壤、海洋、活性污泥、动物肠道、粪便、酒曲、窖泥、发酵液、菌剂、食品等;

体彩20选5怎样算中奖 www.xtgro.tw 样品形式:环境样品、基因组DNA、PCR产物;

菌群多样性组成谱测序研究

菌群多样性组成谱测序以细菌/古菌16S rRNA基因可变区、真菌18S rRNA基因可变区或真菌ITS(Internal transcribed spacer)内转录间隔区等微生物特征序列(Signature sequence)为靶点,通过检测序列的变异和数量,反映菌群中各类微生物物种的身份和丰度,从而快速解码菌群物种分布特征,阐明样本间多样性和组成差异,进而发现差异相关物种。

产品特点

1. 直接对菌群样本中的微生物特征序列进行扩增检测,简单快速且性价比高,并克服了绝大部分微生物无法纯培养的难题;

2. 自动化、专业的DNA提取流程,配合高保真DNA聚合酶进行PCR扩增,并严格把控扩增循环数,确保菌群组成客观真实;

3. 使用Illumina MiSeq的小型化测序平台,周期更短,读长更长(2´300 bp),每个样本都能一次性获得数万条序列,即使低丰度物种也能精确定量;

4. 多种物种注释数据库可选,根据样本来源按需选择Greengenes/Silva/HOMD/RDP/Unite/MaarjAM等数据库,最优化物种的分类鉴定;

5. 可对菌群进行代谢功能预测,通过组成数据,解读潜在功能,并能指导后续宏基因组测序研究。

实验流程

微生物组总DNA提取→目标片段PCR扩增→扩增产物检测定量→测序文库制备→上机进行高通量测序

分析流程

典型分析结果展示

菌群物种分类组成的Krona交互展示图

UniFrac PCoA分析的样本三维排序图

LEfSe组间差异物种的显著性排序图

LEfSe组间差异物种的分类等级树图

RDA约束排序图

物种互作关联网络图

基于16S rRNA基因的PICRUSt功能预测小提琴图

值得一试的深度分析内容

分析项目

分析要求

CAP主坐标典型相关分析

分组≥ 2

菌群分型(Enterotype)分析

样本≥ 20

ROC曲线建模验证分析

分组≥ 2

OTU—样本二分网络分析

样本≥ 3

物种——功能一致性Circos分析

样本≥ 3


分析内容

分析项目

分析

备注

 

基础分析项目

 

原始测序数据的质控

   

原始测序数据的处理

   

2

疑问序列的剔除

   

3

高质量序列长度分布统计

   

序列归并和OTU划分

 

1

OTU划分

   

2

OTU分类地位鉴定

   

3

OTU精简和分类鉴定结果统计

   

4

多样本共有OTUVenn图分析

样本(组)≤ 5

 

 

常规分析项目

 

Alpha多样性分析

 

1

Rarefaction稀疏曲线

   

2

Specaccum物种累积曲线

样本≥ 10

 

3

丰度等级曲线

   

4

Alpha多样性指数计算

   

分类组成分析

 

1

各分类水平的微生物类群数统计

   

2

各分类水平的分类学组成分析

   

3

Metastats分析

样本(组)≥ 2

 

4

LEfSe分析

分组≥ 2

 

群落组成交互式可视化

 

1

系统发育树构建

   

2

MEGAN可视化展示

   

3

GraPhlAn可视化展示

   

4

Krona交互式展示

   

5

热图分析

样本≥ 3

 

Beta多样性分析

 

1

PCA分析

样本≥ 3

 

2

UniFrac-PCoA分析

样本≥ 3

 

3

UniFrac-MDS分析

样本≥ 5

 

4

UniFrac-UPGMA聚类分析

样本≥ 3

 

5

基于UniFrac距离的多组比较和箱线图展示

分组≥ 2

 
 

高级分析项目

 

菌群比较分析和关键物种筛选

 

1

RDA分析

样本≥ 3:提供影响因素数值或分组≥ 2

 

2

PLS-DA分析

分组≥ 2

 

3

Adonis/PERMANOVA分析

样本≥ 3:提供影响因素数值或分组≥ 2

 

4

ANOSIM分析

分组≥ 2

 

5

随机森林分析

分组≥ 2

 

优势物种互作关联网络分析

样本(组)≥ 3

 

群落代谢功能预测

仅限16S rRNA基因数据

 

送样要求 1

1. 样品类型: DNA
2. 样品需求量:≥500ng
3. 样品浓度: ≥10ng/μL
4. 样品纯度:OD260/280=1.8-2.0并确保DNA无降解
5. 样品保存期间切忌反复冻融,送样时请使用冰袋或干冰运输。


送样要求 2

1. 样品类型: PCR产物
2. 样品需求量:≥100ng
3. 样品浓度: ≥5ng/μL
4. 样品纯度:OD260/280=1.8-2.0并确保PCR产物无降解
5. 样品保存期间切忌反复冻融,送样时请使用冰袋或干冰运输。

公司电话:010-65945597/65919547    传 真:010-65919547   E-mail:[email protected]
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